GALECTINA 3: ALVO TERAPÊUTICO NAS HEPATOPATIAS

 

 Conferencia Junho2017

 


ANÁLISE E PROCESSAMENTO DIGITAL DE IMAGEM

 

Curso de Análise e Processamento Digital de Imagem: ImageJ / Photoshop - 2017

 

Professor Responsável: Manoel Luís Costa

     Telefone: (21) 3938-6429 - E-mail: manoelluiscostaKoISHwufrj.br

 

Local: UFRJ - Centro de Ciências da Saúde - CCS; Bloco C; Sala C11 (Sala do Futuro).

 

Ementa:

• Teoria básica da imagem e computação, e as principais técnicas de geração de imagem biológica. ImageJ. Análise (perfil, histograma) e quantificação  (calibração, escala);  identificação e isolamento de objetos. Processamento: operações ponto-a-ponto com imagens (contraste, brilho, gamma) e imagem-a-imagem (convoluções, FFT). Pilhas de imagens: tempo e 3a dimensão. Plugins, programação. Photoshop. Preparo de pranchas e apresentações.

 

 Programa:

• Depois de cada aula teórica, espera-se que os alunos trabalhem nos computadores os aspectos discutidos. No final, teremos apresentações dos modelos de cada usuário em busca de soluções. O curso terá forte componente prático: para isso, cada aluno terá de ter acesso a um computador com o programa de processamento e análise de imagem ImageJ, na versão FIJI, e ao programa Photoshop, além de imagens digitalizadas de alguma maneira. Ao final, cada aluno deve demonstrar o uso do ImageJ / Photoshop no seu modelo de pesquisa.

 

Cronograma

 

     Período: 29 de maio a 26 de junho de 2017, de 13h às 17horas.

     Carga horária: 40 horas

 

     • 29/5/2017 (2a feira)

     13h-15h: Abertura do Curso, instalação do software, apresentação dos alunos

     15h-17h: Introdução à computação: ImageJ. Equipamento e armazenamento.

 

     • 31/5/2017 (4a feira)

     13h-15h: Geração e aquisição de imagem: microscopia (confocal), câmeras, scanner.

     15h-17h: Amostragem e resolução; profundidade de cor; brilho, contraste e gama.

 

     • 2/6/2017 (6a feira)

     13h-15h: Análise (perfil, histograma) e quantificação (calibração, escala) de imagem.

     15h-17h: Ajuste de cores, subtração de background.

 

     • 8/6/2017 (5a feira)

     13h-15h: Identificação e quantificação de objetos X background (threshold).

     15h-17h: Stacks: tempo (tracking) e tridimensional (segmentação).

 

     • 12/6/2017 (2a feira)

     13h-15h: Processamento: operação imagem-a-imagem, convoluções.

     15h-17h: FFT

 

     • 14/6/2017 (4a feira)

     13h-15h: Plugins, programação.

     15h-17h: Quantificação: exemplos de uso + estudo caso.

 

     • 19/6/2017 (2a feira)

     13h-15h: Video: exemplos de uso + estudo caso.

     15h-17h: Quantificação: exemplos de uso + estudo caso.

 

     • 21/6/2017 (4a feira)

     13h-15h: Imagem tridimensional: exemplos de uso + estudo caso.

     15h-17h: Introdução ao Photoshop.

 

     • 23/6/2017 (6a feira)

     13h-15h: Montagem de pranchas, preparo de apresentações.

     15h-17h: Photoshop: exemplos de uso + estudo caso.

 

     • 26/6/2017 (2a feira)

     13h-15h: Acompanhamento de casos.

     15h-17h: Acompanhamento de casos.

 

 Bibliografia:

 

     1. The Image Processing Handbook, Russ, 2007, CRC Press

     2. Microscope Image Processing, Wu, Merchant e Castleman, 2008, Academic Press

     3. Video Microscopy, Inoué, 1997, Plenum Press

     4. Microscopia Óptica: Fundamentos e Aplicações às Ciências Biomédicas, Wanderley de Souza, 2014, SBMM

     5. Electronic Light Microscopy, Shotton, Willey-Liss

     6. What's in a picture? The temptation of image manipulation. Rossner,  M., e Yamada, K.M., 2004, J Cell Biol. 166(1):11-5.

     7. Helen Pearson - Image manipulation:  CSI: cell biology. Nature 434, 952-953 (21 April 2005):

 https://www.nature.com/nature/journal/v434/n7036/full/434952a.html

     8. Guidelines for Best Practices in Image Processing: http://ori.hhs.gov/education/products/RIandImages/guidelines/list.html

     9. NIH Image Manual: http://rsb.info.nih.gov/nih-image/manual/contents.html

   10. Sobre imagem e microscopia: http://micro.magnet.fsu.edu/primer/digitalimaging/

   11. Manual do Fiji: http://pacific.mpi-cbg.de/wiki/index.php/Fiji

 

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UFRJ Pós-Graduação em Anatomia Patológica da Faculdade de Medicina
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